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苦杏仁苷的化学性质与其氰苷结构（含氰基、糖苷键及苯环等基团）密切相关，主要体现在水解反应、与化学试剂的反应及稳定性等方面，这些性质直接影响其活性、毒性及应用特性。
水解反应是苦杏仁苷最核心的化学性质。其分子中含有β-糖苷键，在不同条件下可发生水解：
在酶解条件下，苦杏仁中天然存在的β-葡萄糖苷酶可特异性断裂糖苷键，逐步水解为野樱苷（单糖苷），最终生成葡萄糖、苯甲醛和氢氰酸（HCN），这一过程是苦杏仁苷毒性产生的关键 —— 氢氰酸能抑制细胞色素氧化酶，阻断细胞呼吸链，导致组织缺氧。
在酸解条件下，加热或酸性环境可促进其水解，反应产物与酶解一致，但速率受温度、pH 值影响，例如，煮沸苦杏仁可加速苦杏仁苷水解，同时使部分氢氰酸挥发，从而降低毒性，这也是传统炮制减毒的化学基础。
与化学试剂的反应体现了其功能基团的特性：
氰基（-CN）是典型的含氮官能团，在强碱性条件下可发生水解，生成羧酸盐和氨；若在酸性条件下与金属离子（如 Fe2?）反应，可生成不稳定的氰化物络合物，这一特性可用于苦杏仁苷的定性检测。
分子中的葡萄糖残基具有醛基的部分性质，可与斐林试剂、银氨溶液等发生氧化还原反应（如银镜反应），这也是糖苷类化合物的共性反应，可用于其初步鉴别。
稳定性方面，苦杏仁苷的化学性质受环境因素影响显著：
在干燥、避光的固体状态下相对稳定，但在潮湿、高温或光照条件下易分解，尤其是在酶或酸共存时，水解反应会被加速。
氧化条件下，苯环侧链的醛基易被氧化为羧基，导致苦杏仁苷结构破坏，失去原有的化学活性。
这些化学性质决定了苦杏仁苷在加工、储存及体内代谢中的行为：例如，食品或药品加工中需控制温度和 pH 以减少毒性成分生成；体内代谢中，肠道菌群的 β- 葡萄糖苷酶可介导其水解，因此口服后毒性可能高于注射给药（避免肠道酶解）。深入理解这些性质，对安全应用含苦杏仁苷的天然产物具有重要意义。